《忍者神龟:变种大乱斗》讲述的是躲避人类世界多年后,忍者神龟通过英雄行为在纽约赢得人心,人们将他们看作正常的青少年。在新朋友April O 'Neil 的帮助下,忍者神龟打败了一个神秘的犯罪团伙,但一支变种人军队介入了此事。战争机器的故事发生在一名联盟士兵──马可斯的身上。在监狱服刑四年后被他的朋友多姆拯救出来,并且加入了D小队。长官霍夫曼上校授予D小队的任务是,与A小队的幸存者巴德、柯尔会合,并取得A小队携带的位置共鸣器,这个共鸣器是用来探测地下洞穴并画出兽族地底通道的地图,接着发射光子导弹来摧毁兽族的要塞。D小队后来和A小队会合并得到了这个共鸣器,但途中D小队队员安东尼。卡敏被狙杀而队长金名扬被兰姆大将军一刀刺死。混乱中,他们得到游民的帮助,于是马可斯带领D小队顺利穿过Sera行星的废墟城市,最后乘车来到了一个采矿工厂,并且经由工厂到达了地底深处的矿坑。